საბჭოს, საქმიანობის უზრუნველყოფის მიზნით, ჰყავს აპარატი. საბჭოს აპარატი კონკურენციის სააგენტოს სტრუქტურული ერთეულია, თუმცა საბჭოს მიმდინარე საქმიანობასთან დაკავშირებით საბჭოს აპარატი ასრულებს მხოლოდ საბჭოს მითითებებს და დაუშვებელია საბჭოს აპარატის საქმიანობაში ჩარევა. კონკურენციის ეროვნული სააგენტოს თავმჯდომარე მხოლოდ საბჭოს თავმჯდომარის შუამდგომლობების საფუძველზე იღებს გადაწყვეტილებებს საბჭოს აპარატის მოსამსახურეთა წახალისებისა და მათთვის დისციპლინური პასუხისმგებლობის ზომების შეფარდების შესახებ.